目前，国内共有5所大学设立了国学院 1.北京大学（以元培学院为代表） 2001年5月，北大成立了中国语言文学系古籍研究所；同年9月，成立了中国第一个专门培养高端国学人才的基地——元培班，设在中国语言文学系。2003年9月，元培班分拆为元培学院。
2.北京师范大学 2004年10月，北师大成立京师国学研究院，这是中国第一个专门研究国学、教授国学的大型教育机构。
3.复旦大学（以人文社科实验班为代表） 2007年6月，复旦成立国学研究班（文科高等研究院）。同时设立“国学节”。
4.南京大学（以国学与古典文献本科班为代表） 2008年起，南大设置两个国学本博连读班，隶属于哲学学部和中国语言文化学院。
5.浙江大学（以求是书院为代表） 浙大原本没有设立专门的国学学院或机构，但自民国时期开始就有国学大师出没于校史榜中，如章太炎、梁启超、钱穆等。2012年5月，浙江大学正式成立求是书院，致力于培养高端复合型国学人才。
支开宜优质答主清华大学国学院：
2009年秋，中断80余年的清华大学国学研究院复建。复建后的清华大学国学研究院，致力于推动和引领以现代学术方法整理和研究中华传统文化的进程，打造学术重镇和文化高地。目前设有中国经学、中国史学、中国哲学、中国文学等4个研究方向，由陈来、彭林、刘石、汪晖等教授领衔。
山东大学儒学高等研究院：
2007年12月，山东大学儒学高等研究院成立。设儒学研究中心、文史哲研究所、民俗学研究所、中国古典学术研究所，主要研究方向为中国古代思想文化研究、中国古代物质文化研究及中国文化现代化研究。目前，儒学高等研究院已经成为具有世界影响的学术重镇、培养人文拔尖创新人才的重要基地和引领文化齐鲁、文化中国的高端智库。
北京师范大学中国易学文化研究院：
2009年，北京师范大学中国易学文化研究院成立，旨在研究中国易学文化，弘扬易学文化精神，提升中国易学研究的学术品位，推动易学研究走向世界。研究院实行委员制，聘任国内外易学文化研究专家30人。研究院下设管理委员会和学术委员会，管理委员会负责研究院的组织建设和行政事务；学术委员会负责学术研究工作的计划和总结。
中国人民大学孔子研究院：
2010年，中国人民大学孔子研究院正式成立。孔子研究院设有学术委员会，负责研究院的学术规划和学术指导，并聘任14位著名专家学者担任学术委员。院长为中国人民大学副校长杨慧林教授。研究院主要研究领域为《论语》及孔学、孔子与中国思想史、孔子与中国文化精神、孔子与中国古代文学、孔子与经学。
其他国学院：
此外，复旦大学、浙江大学、华东师范大学等多所高校也设立了与“国学”有关的二级学院或教学研究机构，积极开展中国传统文化、中国思想文化、中国经学与文学等领域的研究。
